生殖器疱疹的症状有时会再出现，即复发。这是因为一旦感染了这种病毒，病毒将永远存在人体内。多数时间，病毒呈不活动状态，但它可以经常再活动，并引起疱疹再次发作。每一个体的复发性有很大差异，有些人从来复发小，有些人可每年复发数次。但是，与初次发作时相比，复发时通常病程较短，病情较轻。

有些情况或状态可触发疱疹的复发，也可以避免或减少疱疹复发的触发因素。这些因素包括工作时或家庭中的情绪紧张、疲劳、患其它疾病、睡眠不足或失眠、性交时的局部磨擦和女性的月经。

复发的表现差异很大。在有过由 HSV-2 引起的初发患者中，大约 80% 的患者将至少有一次复发，而在由 HSV-1 感染者中，只有 50% 的患者将出现复发。在大多数情况下，复发是偶发性的(大约每年 4 次)，但有少数患者复发将频繁发生。