生殖器疱疹较常见的症状是一簇包含有流动性液体的大水疱，破裂后会产生疼痛的溃疡，溃疡之后结痂然后自愈。这个过程可能会持续好几天。但是在有些人只表现为皮肤上有一些小疹子和类似丘疹的小肿块。还有些人有一些其他的症状像小便涩痛，在一些女性中可以表现为有阴道液体排出。

疼痛在人感染后的第四天至第七天发生。在感染后也可能会有类似流感的症状，包括发热和腹股沟淋巴结肿大。症状的来去没有特定的模式。有的人可能一年发作一次，还有些人可能几个星期就发作一次。在突发之前，可能会感觉到感染区域的疼，痒，发麻以及灼热感，还可能感觉到骨盆或下沿到腿的锐痛。

疱疹疼痛经常在发生时较严重，在后面的发作中疼痛将会减轻并且持续时间缩短。生殖器疱疹常见的可以感染身体的以下区域：阴茎、阴囊、外阴、阴道、肛门、尿道、大腿、臀部。

然而，有些携带生殖器疱疹的人没有症状，或者是被误诊成其他疾病，比如：阴道酵母菌感染、股癣、虫咬、痔疮、向内生毛。疱疹病毒分成两型：1型(HSV-1或口腔疱疹)和2型(HSV-2或生殖器疱疹)。多数情况下，HSV-1导致口腔和嘴唇溃疡(有时叫做“热病性疱疹”或“感冒疮”)。HSV-1也可以导致生殖器疱疹，但是大多数的生殖器疱疹是由HSV-2引起的。HSV-2感染的患者会在生殖器和直肠周围有溃疡。虽然HSV-2引起的溃疡也可能会发生在其他区域，发生在腰部以下的溃疡比较常见。